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近日,香港大學(xué)統計與精算學(xué)系系主任尹國圣教授聯(lián)合其他多位學(xué)者發(fā)表一篇最新論文,介紹了一個(gè)最新的新冠肺炎在線(xiàn)診斷系統。據了解,該系統對新冠肺炎診斷的準確率 88%、AUC 值 93%、敏感度 86%、特異度 90%,
參與這項研究的人員,還有西南財經(jīng)大學(xué)統計學(xué)院助理教授劉斌博士、研究生高曉雪、何孟霜、劉霖以及劉斌博士的同事呂鳳毛(西南財經(jīng)大學(xué)統計學(xué)院助理教授)。
目前,論文正在評審中,但是 COVID-19 診斷系統已經(jīng)在線(xiàn)、免費使用,Python 程序及數據完全開(kāi)源
尹國圣教授表示,通過(guò)對非典疫情及各類(lèi)流感病毒的研究,香港大學(xué)一直都走在世界科研的最前沿。2003 年非典期間,深圳和香港的科研人員就曾聯(lián)合宣布,從果子貍等野生動(dòng)物體內找到非典病毒前體。
基于生物統計和臨床試驗方向的多年研究經(jīng)驗,從 2020 年 1 月底,尹國圣教授帶領(lǐng)的研究團隊開(kāi)始嘗試一些新冠肺炎方面的研究,基于 CT 圖像診斷是其中一項工作。
但是,由于沒(méi)有公開(kāi)的 CT 圖像數據集,團隊需要花大量的時(shí)間去尋找開(kāi)放的樣本并對樣本進(jìn)行標記。
后來(lái),medRxiv 上有一項工作,整理了一些關(guān)于新冠病人 CT 圖像分析的論文預印本。該論文從 medRxiv 和 bioRxiv 文章的預印本中提取了 746 張病人的 CT 圖像,并訓練了一個(gè)新冠病人二分類(lèi)的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò )。
然而,其結果顯示的預測效果還未能達到臨床標準。
尹國圣教授認為,一個(gè)原因是樣本量較小,另一個(gè)重要原因是沒(méi)有充分利用 CT 圖像樣本自身豐富的標注信息。這批 CT 數據跟傳統的醫療圖像數據最大的差別是,每個(gè)樣本都來(lái)自一篇醫學(xué)影像學(xué)論文。
在這些文章中,臨床醫生對新冠病人的胸部 CT 病灶特征做了詳細的描述,有些還和其他常見(jiàn)肺部疾病的病灶特征做了仔細的對比分析。
因此,在尹教授看來(lái),“這批數據,雖然樣本數量有限,但信息量極大,是一個(gè)具有代表性,價(jià)值很高的數據集。”
研究人員進(jìn)一步對樣本附帶的文本信息進(jìn)行了針對性的研究,發(fā)現 760 篇論文涵蓋了對于新冠肺炎的五種病灶(Lesion)的描述,其中每個(gè)病人 CT 影像上均會(huì )出現其中一種或者多種病灶。通過(guò)對新冠確診病人的 CT 圖像的診斷描述進(jìn)行分析,這五種病灶是影像學(xué)上對新冠肺炎診斷的主要標準。
于是,團隊設計出一個(gè)基于 CT 圖像的 Lesion-Attention 深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò )模型(LA-DNN)。
模型一方面學(xué)習圖像中可以區分新冠病人和非新冠病人的特征,另一方面把模型的“注意力”集中在病灶區域,即學(xué)習多標簽病灶,這就是團隊提出的 LA-DNN(Lesion-Attention Deep Neural Networks)模型,如同臨床醫生通過(guò) CT 圖像判斷病情時(shí)會(huì )側重關(guān)注異常的病灶區域而略過(guò)正常區域一樣,模型同時(shí)訓練兩個(gè)任務(wù),相互協(xié)調,從而使得模型性能得到顯著(zhù)的提升,其各項指標均達到了臨床標準。
同時(shí),團隊也采用了遷移學(xué)習,即利用預訓練的 VGG、DenseNet 等神經(jīng)網(wǎng)絡(luò )來(lái)作為模型的骨干網(wǎng)絡(luò )。
新冠 CT 圖像診斷系統上線(xiàn)后,團隊仍然在繼續收集新的樣本,在線(xiàn)系統的訓練樣本比最初的樣本數量翻了一倍,并定期重新訓練模型,在線(xiàn)系統的效果比論文中的結果又有提升。
對于該成果未來(lái)的應用方向,尹教授表示,希望前線(xiàn)抗擊疫情的醫務(wù)人員使用該系統,分享數據、開(kāi)展合作研究,幫助進(jìn)一步測試和改進(jìn)系統。
“目前,中國的疫情得以控制,而其他許多國家和地區仍然存在很大壓力,希望該系統可以在疫情仍然嚴重的區域發(fā)揮作用,減輕核酸檢測的負擔。”
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